En 1318, la bulle de délimitation du nouveau diocèse de Toulouse mentionne l'église de Roques comme une annexe de la paroisse de Pinsaguel, archiprêtré de Lherm.
Initialement, une chapelle se trouvait à gauche de l’entrée du cimetière.
Sous Louis XVI, le 10 mars 1782 a lieu la bénédiction et la pose de la pierre fondamentale. La cérémonie a été célébrée par Noble Jean Melchior de la TANNERIE, curé de Pinsaguel avec la présence de Jean-Jacques LAFFON, vicaire de Roques, Louis LASSALE et Jean FAURÉ consuls.
Après quatre ans de travaux, la bénédiction de l’église fut célébrée le 1er mai 1786 par Alexandre-Henri de CHAUVIGNY de BLOT (°1751 † 1805), vicaire général de l'archevêque Étienne-Charles de LOMÉNIE de BRIENNE (°1727 † 1794), avec l’assistance de Mr de la TANNERIE, curé de Pinsaguel et Mr BOUBÉ, vicaire de Roques et plusieurs autres prêtres du voisinage.
Elle deviendra une paroisse de plein exercice au Concordat (15 juillet 1801) avec un rattachement au doyenné de Muret.
L'église est dédiée à Saint Martin, évêque de Tours, patron de la paroisse. Le maître autel est dédié à ce saint.
Elle est bâtie en lits alternés de briques et de galets, laissés apparents sur toutes les façades avec des toits en tuiles canal. La nef donne accès à quatre chapelles, dédiées à droite à Notre-Dame de Pitié et à Sainte Germaine, à gauche au Sacré Cœur et à Saint-Martin. Une première niche dans la nef à gauche contient une statue en bois de Saint-Martin.
En 1871, l’église de Roques est peinte par M. LAPEINE.
Le 22 avril 1877, une main généreuse, qui veut rester anonyme, a fait don d’une statue de Saint-Joseph.
Inauguration, le 22 mai 1879, de l’harmonium financé par la fabrique [1] aidée des paroissiens généreux.
Le Chanoine CAZAUX, inaugure, le 16 avril 1885, un autel en marbre et une magnifique statue du Sacré Cœur de Jésus.
Le 24 septembre 1911, a lieu la bénédiction de la grosse cloche (prix 810 Frs) dont 500 Frs ont été donnés par le Conseil Municipal qui ainsi a su montrer que, si la séparation était inscrite dans la loi, à Roques elle ne le serait jamais dans les cœurs. La nouvelle cloche a été fondue dans les ateliers de Monsieur VINEL, fondeur à Toulouse.
En 1987, des travaux sont entrepris pour la restauration de la façade de l’église.
Suite à la réforme liturgique des travaux ont été entrepris de 1992 à 1995 avec la réfection complète du toit, la peinture et l'électricité ainsi que le réaménagement du chœur avec un pavement en carreaux de marbre rouges, verts et noirs.
Un nouvel autel a été consacré le 22 octobre 1995 par Monseigneur André COLLINI Archevêque de Toulouse (°1921 † 2003). Cet autel, ainsi que l’ambon, les sièges de présidence et le pupitre d’animation ont été réalisés par Josette CHAHIAN (°1933 †2013).
[1] La fabrique, au sein d'une paroisse catholique, désigne les personnes chargées de l'administration des biens de la communauté paroissiale.
Dans la première chapelle de droite se trouve un Groupe en bois sculpté, peint et doré, représentant une Vierge de Pitié du XVIème siècle classé aux Monuments Historiques (MH 2004).
La seconde chapelle dédiée à Sainte Germaine a été érigée en 1862 suite à une souscription après la guérison miraculeuse de Sœur Vincent MOREL des Filles de la Charité. Un vitrail dédié à Sainte Germaine, le thaumaturge de Pibrac perpétue cet événement en date du 23 février 1861 que l'on peut qualifier de miraculeux.
Voir les autres églises : Portet-sur-Garonne - Pinsaguel - Roquettes - Saubens